Jakes farfar efterlader nogle ledetråde til et mysterium, som spænder over forskellige verdener og tid og fører til Miss Peregrines hjem for besynderlige børn. Mysteriet bliver tydeligere, da Jake lærer mere om sine nye venner og deres evner. Snart opdager han også, hvilke mægtige fjender de har, og indser, at kun hans egen ”evne” kan redde dem

Den visjonære regissøren Tim Burton har gitt oss dette magiske eventyret, basert på den bestselgende romanen. Når Jake avslører et mysterium som omfatter alternative virkeligheter, avdekker han en hemmelig verden for ”underlige barn” med overnaturlige evner. Men Jake innser snart at farene lurer overalt, og han må finne ut hvem han kan stole på og selv vise sitt sanne jeg.