Da den onde Stormkonge og hans håndlangere truer med at stjæle al magien i Ponyville, må de seks ponyer Twilight Sparkle, Applejack, Rainbow Dash, Pinkie Pie, Fluttershy og Rarity kaste sig ud på et fantastisk eventyr for at redde deres hjem. Et eventyr, der byder på masser af nye venner, men også udfordringer, som kun mod, magi og venskab kan løse. My Little Pony Filmen bringer for første gang ponyerne "Mane 6" til live på det store lærred i en skøn familiefilm om det magiske i venskab.

Mørke krefter truer Ponyville. Derfor setter Twilight Sparkle, Applejack, Rainbow Dash, Pinkie Pie, Fluttershy, and Rarity ut på en uforglemmelig reise, som tar dem med utenfor Equestria, hvor de møter både nye venner og spennende utfordringer hvor de gjennom sitt magiske vennskap må redde Ponyville.